과기정통부 인정 받은 연구소 등 요건 충족해야


Q.중소기업에 다니는 30대 직장인 A씨는 최근 연구개발(R&D) 비용을 세금으로 환급받은 이야기를 접했다. 눈에 번쩍 뜨일 만한 소식이었다. A씨 회사에도 지난해 연구소가 설립됐는데 처음 듣는 말이었기 때문이었다. A씨는 회계팀 소속인 자신이 모를 정도면 일반적으로 공유되는 사실은 아니라고 생각했다. 이에 A씨는 구체적인 법인세 절감 방안에 대한 세무상담을 받았다.

A.15일 PKF서현회계법인에 따르면 내국인이 과학기술정보통신부 장관 인정을 받은 기업부설연구소, 연구개발 전담부서 등에서 연구나 인력 개발을 위해 지출한 비용에 대해서는 일정비율을 곱한 금액 만큼 세액공제를 받을 수 있다.

그렇다면 어떤 비용이 연구·인력개발비에 해당할까. 크게 △신성장동력·원천기술 연구개발비 △국가전략기술 연구개발비 △일반 연구·인력개발비 등 3가지로 나뉜다.

신성장동력·원천기술 및 국가전략기술 연구개발비는 기업규모별 공제율과 해당 과세연도에 수입금액에서 해당 비용이 차지하는 비율에서 3배(한도 10%)를 곱한 비율을 합산한 후 투자금액을 곱해 산출한다.

마지막 일반 연구·개발비는 증가분 혹은 당기분 방식 가운데 하나를 골라 적용받을 수 있다. 전자는 해당 과세연도 발생 비용에서 직전 과세연도 발생 비용을 차감한 값에 기업규모별 공제율을 적용해 계산한다. 후자는 해당 과세연도 발생비용에 기업규모별 공제율을 바로 적용하는 산출법이다.

만약 해당 사업연도에 직전 대비 비용이 대폭 늘어났다면 공제율이 높은 증가분 방식을 택하는 것이 합리적인 셈이다.

서현회계법인 관계자는 "비용의 성격, 기업 유형, 코스닥 상장 여부, 유예기간 경과 여부 등에 따라 적용 가능한 세액 공제율이 다르다. 납세자가 스스로의 상황을 고려해 가장 유리한 세액공제를 선택하면 된다"고 설명했다.

특히 연구·인력개발비 세액공제는 농어촌특별세가 과세되지 않는다는 이점이 있다. 계산된 세액공제액이 산출된 세액을 넘어서 공제받지 못한 경우에는 그 잔액을 10년간 이월해 공제받을 수도 있다. 이 관계자는 "R&D 활동을 하는 회사라면 놓쳐서는 안 될 세제 혜택"이라고 강조했다.

구체적으로 공제 대상에는 △주주가 아닌 연구전담요원과 보조연구원 인건비 △연구용 견본품, 원재료 구입비용 △연구 및 시험용 시설 임차료 △특정 기관에의 연구개발용역 위탁 또는 공동연구개발 수행에 따른 비용 등이 해당한다.

서현회계법인 관계자는 "다만 세액공제 요건을 충족 못한 경우 적용받을 수 없다"며 "공제요건을 꼼꼼하게 검토해야 하는 이유"라고 짚었다.

A씨 회사가 연구인력 개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 우선 연구소가 과기정통부 장관의 인정을 받았는 지를 확인해야 한다.

다음으로는 연구소 또는 전담부서에서 종사할 전담연구요원과 연구보조원을 고용해 연구개발 활동을 수행하는 지 여부를 점검해야 한다. 연구 활동 외 다른 업무를 겸하는 직원이나 연구개발 과제를 직접 수행하지 않고 단순히 행정 사무를 보조하는 직원은 세액공제 대상에서 제외되기 때문이다.

퇴직금 또는 퇴직연금 계좌에 납부한 부담금과 4대보험 사용인 부담금은 세액공제 대상 인건비로 인식되지 않는다는 점도 주의할 필요가 있다. 연구전담요원 등에게 지급하는 인건비와 복리후생비로 처리한 4대보험 사용자 부담금만 공제대상에 포함된다.

무엇보다 향후 세무조사에서 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면 수년간 공제받은 금액을 '토해내야' 하는 것은 물론 가산세까지 추징당할 수 있다는 사실을 염두에 둬야 한다. 연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서는 조세 절감 효과가 큰 제도지만 해당 여부나 공제 가능 금액을 두고는 과세관청과 납세자간 이견이 많은 항목이기 때문이다.

이 위험을 회피할 방법도 있다. 자신들이 신청하려는 대상이 실제 세액공제를 받을 수 있는지 미리 심사해 달라고 요청하면 된다. 서현회계법인 관계자는 "회사가 지출한 연구·인력개발비가 세액공제 대상인지 확실하지 않다면 사전심사 제도를 활용하는 것도 방법"이라며 "이 절차를 거치게 되면 향후 공제대상 비용 변경이 발생해도 과소신고가산세가 부과되지 않고 연구·인력개발비에 대한 신고내용 확인 및 감면 법인 사후관리 대상에서 제외되는 이점이 있다"고 말했다.

PKF서현회계법인 회계사와의 상담 내용을 바탕으로 한 [세무 재테크 Q&A]는 매월 둘째 주 연재됩니다.